转座因子（TEs）是大型植物基因组的主要组成部分，也是基因组进化的主要驱动因素。
它们分为两类：
反转录转座子（1类），具有逆转录酶(RT)，通过转录合成mRNA，再逆转录合成新的元件整合到基因组中完成转座，每转座1次拷贝数就会增加1份，可以增强自己的基因组。反转录转座子可以分成两大类，一类是LTR反转录转座子，包括Ty1-copia类和Ty3-gypsy类转座子，具有长末端重复序列(longterminalrepeats，LTR)的转座子，这类反转录转座子可以编码反转录酶(Reversetranscriptases)或整合酶(integrases)，自主地进行转录，高等植物中的反转录转座子主要属于Ty1-copia类，分布十分广泛，几乎覆盖了所有高等植物种类。另一类是非LTR反转录转座子，包括LINE(longinterspersednuclearelements，长散布核元件)类、SINE(Shortinterspersednuclearelements，短散布核元件)类、复合SINE转座子类，没有长末端重复序列(non-longterminalrepeats，non-LTR)，自身也没有转座酶或整合酶的编码能力，需要在细胞内已有的酶系统作用下进行转座。所有完整反转录转座子都有一个共同特点，就是在其插入位点上产生短的正向重复序列。
和DNA转座子（2类），代表所有其他类型的元素。相比起反转录转座子的“复制后粘贴”，DNA转座子的转座行为就是“剪切后粘贴”。DNA转座子转座中间体是DNA，其实就是它本身。因此DNA转座子又被称为不复制转座子。这类型的转座子在结构上有其特点。首先是转座子序列的两端，是两段正向重复序列（directrepeat，简称dR），与它们接壤的是反向重复序列（invertrepeat，简为iR），就是所谓的“回文”序列。然后才是中间的插入序列（Insertsequence，简为IS）。转座过程中可能还会带有侧翼序列。
年8月17日genomebiology杂志在线发表题为“Impactoftransposableelementsongenomestructureandevolutioninbreadwheat”的研究（